日本から首都マニラ・セブ島へは各社から直行便が就航しており、マニラには3時間半〜4時間、セブ島には4時間〜4時間半で到着します。
- フィリピン航空（PR）
- 東京−マニラ 毎日1便
- 東京−セブ 週5便（10／31〜3／31は週6便）
- 名古屋−マニラ 週4便
- 大阪−マニラ 週5便
- 福岡−マニラ 週6便（うち2便は沖縄経由）
- 沖縄−マニラ 週4便（うち2便は福岡経由）
- 3月2日より、週4便、名古屋-マニラ線が就航します。
- 日本航空（JL）
- 東京ーマニラ 毎日2便
- 名古屋ーマニラ 週3便
- タイ航空（TG）
- 大阪ーマニラ 毎日1便
- ノースウエスト航空（NW）
- 東京ーマニラ 毎日1便
- 名古屋ーマニラ 毎日1便
- 大阪ーマニラ 毎日1便
